大唐盛世，运河之上怪事频发，数艘官船离奇沉没，死者皆被水草缠身，面容扭曲。狄仁杰奉命调查，发现沉船地点均靠近一处废弃码头，而码头下竟藏有神秘水闸。随着调查深入，他遭遇黑衣刺客袭击，并发现当地官员勾结水匪，企图利用运河闸门制造水灾，淹没下游城镇以掩盖私吞赈灾粮款的罪行。狄仁杰在女侠段蓉的协助下，潜入水匪巢穴，最终揭露幕后主使竟是朝中重臣，他欲借水患逼宫篡位。大运河上，狄仁杰率众与水匪展开激战，成功关闭水闸，保住万千百姓性命，将罪臣绳之以法。